Ngay sau khi có quyết định của Chính phủ tại công văn số 1757/VPCP-KTTT ngày 23/3/2011, của Bộ Tài chính và Tổng cục Hải quan về việc triển khai thí điểm Hải quan điện tử tại 07 Cục Hải quan mới: Thanh Hoá, Nghệ An, Thừa Thiên-Huế, Bình Định, Đắk Lắk, Tây Ninh, Long An, Cục Hải quan TT-Huế đã lập kế hoạch chi tiết triển khai Thủ tục Hải quan điện tử theo lộ trình đã đặt ra, đồng thời chuẩn bị các điều kiện cần thiết về cơ sở hạ tầng và về nhân lực.
Từ 18/7/2011 , Hải quan TT-Huế đã triển khai thí điểm thủ tục Hải quan điện tử tại Chi cục Hải quan Thủy An (nơi làm thủ tục hải quan cho tất cả các doanh nghiệp trên địa bàn tỉnh TT-Huế ) với 3 loại hình thông quan hàng hóa XNK, gồm: kinh doanh, sản xuất xuất khẩu và gia công.
Ông Ngô Bình Tú – Phó Cục trưởng Cục Hải quan TT Huế cho biết: Trong giai đoạn đầu triển khai, Hải quan TT- Huế lựa chọn 4 doanh nghiệp tham gia thủ tục Hải quan điện tử, gồm: Công ty dệt kim và may mặc Huế- Việt Nam; Công ty cổ phần dệt may Huế; Công ty men Frit Huế; Công ty Scavi Huế. Một tín hiệu vui đối với Hải quan TT-Huế là trong quá trình chuẩn bị để triển khai chạy thử nghiệm thủ tục Hải quan điện tử đối với 4 doanh nghiệp đã được lựa chọn thì có một doanh nghiệp khác là Công ty HPI Huế sau khi tìm hiểu đã chủ động tìm đến đăng ký được tham gia chương trình thí điểm thủ tục Hải quan điện tử của Hải quan TT- Huế. Kết quả đạt được (từ 18/7/2011 – 30/9/2011): Tổng số tờ khai XNK: 982 TKĐT/1.843 TK (tỷ lệ 53.28%), Tổng kim ngạch: 44.411.883,14 USD (tỷ lệ 87,75%).
Sau khi triển khai thành công tại Chi cục Hải quan Thủy An Cục hải Quan TT Huế đã tổ chức đánh giá hoàn thiện và tiếp tục nghiên cứu để mở rộng doanh nghiệp tham gia cũng như triển khai ở tất cả loại hình hàng hóa XNK và ở tất cả các chi cục. Và hiện đã có thêm 3 doanh nghiệp tự nguyện đăng ký tham gia thực hiện thủ tục hải quan điện tử nâng tổng số doanh nghiệp đăng kí thực hiện hải quan điện tử tại Cục Hải quan TT Huế lên 8 doanh nghiêp.
Ông Ngô Bình Tú cho biết thêm: trong thời gian đến Cục Hải quan Thừa Thiên Huế đã có những kế hoạch cụ thể để việc thực hiện hải quan điện tử thật sự có chất lượng và hiệu quả : Mở rộng việc triển khai hệ thống thông quan điện tử cho tất cả các doanh nghiệp tại tất cả các Chi cục Hải quan thuộc cục Hải quan TT-Huế vào cuối quý IV năm 2011. Tháng 9/2012 ngừng việc tiếp nhận khai từ xa tại Chi cục Hải quan cảng Thuận An và Chân Mây. Phối hợp với Ban CCHĐH và Cục CNTT và Thống kê Hải quan nâng cấp cài đặt phiên bản 3.0 Thông quan điện tử cho các Chi cục Hải quan trực thuộc. Tổ chức đào tạo việc vận hành hệ thống thông quan điện tử cho CBCC tại các Chi cục còn lại. Phối hợp với doanh nghiệp cung cấp dịch vụ đầu cuối tập huấn cho các doanh nghiệp thường xuyên làm thủ tục hải quan tại các Chi cục Hải quan (trừ doanh nghiệp đã tham gia hải quan điện tử tại Chi cục Hải quan Thủy An).
Ông Trần Ngọc Hùng, đại diện Công ty Scavi Huế - một trong năm doanh nghiệp tham gia thí điểm thực hiện hải quan điện tử tại Huế cho biết: “Trong quá trình phát triển và hội nhập, thay vì làm các thủ tục thủ công bằng giấy chúng ta phải đầu tư con người, trang thiết bị công nghệ để theo kịp công nghệ thông tin để áp dụng hải quan điện tử. Việc áp dụng thủ tục hải quan điện tử tạo rất nhiều thuận lợi cho doanh nghiệp trong quá trình làm thủ tục xuất nhập khẩu, doanh nghiệp có nhiều thời gian tập trung vào các nhiệm vụ khác”.
Những lợi ích mang lại cho doanh nghiệp có thể dễ dàng nhận rõ là thủ tục hải quan điện tử giúp doanh nghiệp giảm thời gian làm thủ tục, giảm chi phí. Luồng xanh (những doanh nghiệp được ưu tiên, không vi phạm pháp luật, chấp hành đầy đủ thủ tục và chính sách của Nhà nước) giảm 5-10 phút so với trước, giảm số lượng chứng từ phải nộp xuống còn 50% vì chỉ phải khai tờ khai hải quan mà không phải xuất trình, nộp hồ sơ hải quan (lưu tại doanh nghiêp). Luồng vàng (doanh nghiệp in hồ sơ và đem đến cơ quan hải quan để đối chiếu, nếu không có vi phạm sẽ được thông quan) giảm 20-30 phút so với trước, chỉ xuất trình các chứng từ hải quan yêu cầu. Hệ thống xử lý dữ liệu điện tử hải quan hỗ trợ số liệu, hướng dẫn thủ tục hải quan nhanh trên mạng. Ngoài ra, doanh nghiệp còn được cơ quan hải quan hỗ trợ, đào tạo, cung cấp phần mềm và tư vấn miễn phí. Đặc biệt, thủ tục hải quan điện tử giúp nâng cao tính minh bạch, công bằng trong giải quyết thủ tục hải quan, giảm thiểu các tiêu cực phát sinh do việc tiếp xúc trực tiếp giữa hải quan và doanh nghiệp. Doanh nghiệp có thể thực hiện việc khai báo hợp đồng, phụ kiện hợp đồng (bao gồm cả danh mục kèm theo) và định mức mà không cần phải xuất trình các giấy tờ có liên quan nêu trên để cơ quan hải quan kiểm tra. Đối với cơ quan hải quan, thủ tục hải quan điện tử giúp nâng cao hiệu lực, hiệu quả quản lý hải quan.