QLTHVB được thực hiện thông qua một số công cụ như chính sách và tổ chức quản lý (bao gồm Cơ chế điều phối đa ngành, Chiến lược/Kế hoạch hành động KHHĐ QLTHVB, phân vùng sử dụng/quy hoạch vùng bờ…); nhóm công cụ giám sát đánh giá (lập báo cáo hiện trạng vùng bờ, hệ thống quản lý thông tin tổng hợp; đánh giá tính dễ bị tổn thương, đánh giá rủi ro môi trường, chương trình quan trắc môi trường tổng hợp), các công cụ truyền thông và nâng cao nhận thức và công cụ tài chính (Cơ chế tài chính bền vững).
Ở cấp khu vực, Tổ chức đối tác quản lý môi trường các biển Đông Á (PEMSEA) đã xuất bản tài liệu hướng dẫn xây dựng hệ thống Báo cáo hiện trạng vùng bờ (SOC). Đây được xem công cụ được thiết kế để giúp chính quyền sử dụng khi thực hiện Chương trình quản lý tổng hợp vùng bờ, dựa trên Khung phát triển bền vững vùng bờ. Hệ thống báo cáo SOC là một công cụ quan trọng trong suốt chu trình thực hiện QLTHVB. Ở giai đoạn đầu thực hiện QLTHVB, SOC nền tổng hợp thông tin từ nhiều nguồn khác nhau, bao gồm dữ liệu thứ cấp từ các cơ quan chính phủ, các viện nghiên cứu, các tổ chức phi chính phủ và các cá nhân cũng như các dữ liệu được lưu trữ trong các hệ thống thông tin quản lý và các báo cáo đã được xuất bản. SOC cung cấp những thông tin cập nhật để xác định và sắp xếp ưu tiên những vấn đề thích hợp có thể được đưa vào chương trình QLTHVB. SOC được dùng như một chu trình báo cáo thường xuyên và liên tục được cập nhật, nó tạo thuận lợi cho việc giám sát và đánh giá các giai đoạn khác nhau trong thực hiện QLTHVB. Hệ thống này giúp cho việc đánh giá những thay đổi đã xảy ra ở vùng bờ, ảnh hưởng của những thay đổi này và hiệu quả của các biện pháp can thiệp trong quản lý, giúp hoàn thiện một chương trình QLTHVB để ứng phó với những điều kiện đang thay đổi.
Trong mỗi chương trình QLTHVB, các chỉ thị trở thành các công cụ quản lý quan trọng khi chúng được đo đếm hiệu quả. Các chỉ thị được sử dụng để phản ánh những thay đổi về hiện trạng môi trường vùng bờ, xu thế của những áp lực kinh tế - xã hội, mối liên hệ, tác động qua lại giữa con người với các hệ sinh thái vùng bờ, giúp các nhà quản lý đánh giá được sự thành công hay thất bại của một chương trình QLTHVB.
Hiện nay, Tổng cục Biển và Hải đảo Việt Nam đang tập trung nguồn lực, phối hợp với các chuyên gia của Hàn Quốc xây dựng các tài liệu hướng dẫn kỹ thuật về QLTHVB, trong đó tập trung vào hướng dẫn lập báo cáo hiện trạng vùng bờ và hệ thống thông tin tổng hợp phục vụ QLTHVB trong khuôn khổ dự án “Thiết lập nền tảng cho quản lý tổng hợp vùng bờ tại một số tỉnh ven biển Việt Nam” do Chính phủ Hàn Quốc viện trợ. Theo kế hoạch, hướng dẫn lập báo cáo hiện trạng vùng bờ cho Việt Nam sẽ được cơ quan có thẩm quyền ban hành vào cuối năm 2020. Các nội dung của hướng dẫn sẽ được đề xuất, dựa trên hướng dẫn chung của khu vực và phù hợp với bối cảnh Việt Nam. Việc lựa chọn và đề xuất các chỉ thị đánh giá sẽ được tiến hành dựa trên một số nguyên tắc chung gồm:
1. Liên quan đến các nguyên tắc và nội dung QLTHVB
2. Phù hợp với chính sách và yêu cầu quản lý
3. Đơn giản, dễ hiểu, dễ áp dụng
4. Sẵn có, khả thi về chi phí - hiệu quả
5. Có thể so sánh, kết hợp và lồng ghép với các chỉ thị liên quan khác.
Trong quá trình xây dựng và hoàn thiện dự thảo hướng dẫn, Tổng cục Biển và Hải đảo Việt Nam sẽ phối hợp chặt chẽ với các bộ, ngành, các cơ quan quản lý các cấp, các nhà khoa học và chuyên gia kỹ thuật cũng như các bên liên quan khác (các tổ chức phi chính phủ, tổ chức xã hội, đoàn thể, các tổ chức cộng đồng…).