Ngoài phần Mở đầu, Kết luận, Tài liệu tham khảo, cuốn sách được chia thành 5 chương:
Chương 1: Tổng quan về biển đảo Việt Nam và biển đảo Việt Nam dưới thời Nguyễn
Chương 2: Xây dựng các công trình phòng thủ vùng duyên hải, cảng biển
Chương 3: Tổ chức thủy quân và việc thự thi chủ quyền ở quần đảo Hoàng Sa – Trường Sa dưới thời Nguyễn
Chương 4: Bảo vệ an ninh, quốc phòng và nhiệm vụ kinh tế, xã hội
Chương 5: Phương thức tiến hành và bài học kinh nghiệm bảo vệ chủ quyền Hoàng Sa – Trường Sa của Triều Nguyễn.
Mục đích và nhiệm vụ của các tác giả khi thực hiện đề tài này là tập trung nghiên cứu về chính sách của triều Nguyễn đối với biển đảo, tổ chức, trang bị, chiến pháp của quân đội bao gồm thuỷ quân, biền binh cùng các lực lượng phối hợp giữa triều đình Huế và các địa phương có liên quan; nghiên cứu về các công sự chiến đấu và hoạt động bảo vệ vùng biển, đảo và cửa biển giai đoạn triều Nguyễn đấu tranh bảo vệ chủ quyền và nền độc lập đất nước (1802-1885) trên cả ba miền đất nước; nghiên cứu quá trình khai thác và thực thi chủ quyền tại hai quần đảo Hoàng Sa và Trường Sa của triều Nguyễn cho đến năm 1945, kể cả thời gian bị thực dân Pháp cai trị.
Do đóng kinh đô tại Huế, nơi cách bờ biển chỉ hơn mười cây số, nên Triều Nguyễn hết sức chú trọng trong việc bảo vệ mặt biển, một hệ thống phòng vệ kinh đô hai phía Bắc và Nam kinh thành, từ Thuận An ra Thanh Hóa và từ Đà Nẵng vào Bình Thuận được các vua nhà Nguyễn thực hiện rất sớm và kiên cố hơn bất kỳ nơi nào trên đất nước ta, nay vẫn còn dấu tích. Bên cạnh đó Tài liệu “châu bản” và các tài liệu chính sử của nhà Nguyễn là cơ sở khoa học và cơ sở pháp lý để khẳng định chủ quyền biển đảo Việt Nam dưới Triều Nguyễn, nhất là nguồn tài liệu này đã được UNESCO công nhận là di sản ký ức của châu Á – Thái Bình Dương. Nguồn tài liệu thực địa quý nhất là tài liệu Hán Nôm tìm được ở đảo Lý Sơn (Quảng Ngãi), Cù Lao Xanh (Bình Định), Cù Lao Chàm (Quảng Nam) và nhiều làng xã ở ven biển Miền Trung đã làm rõ và liên quan đến việc khai thác và thực thi chủ quyền biển đảo, đặc biệt là hai quần đảo Hoàng Sa và Trường Sa. Qua khảo sát thực địa cho chúng ta thấy được vị trí chiến lược về kinh tế trong cuộc đấu tranh bảo vệ chủ quyền của ông cha. Nguồn tài liệu sưu tầm ở nước ngoài bao gồm các bản đồ đương đại, tranh ảnh, ký sự vừa bổ sung thêm tư liệu, vừa tăng thêm tính khách quan của công trình.
Công trình hoàn thành có giá trị về khoa học để công bố cho nhân dân và cộng đồng quốc tế biết một cách đầy đủ về quá trình khai thác và bảo vệ chủ quyền gian khổ và lâu dài của ông cha để nâng cao ý thức công dân đối với biển đảo thiêng liêng của Tổ quốc, là cơ sở để bảo tồn và phát huy giá trị lịch sử của biển đảo trong tình hình đất nước hiện nay.