Theo đó, hóa đơn điện tử sẽ dần thay thế vị trí của hoá đơn giấy trong giao dịch mua bán hàng hoá, dịch vụ. Công tác quản trị của doanh nghiệp cũng như quản lý của cơ quan thuế cũng được thực hiện theo hướng hiện đại  hóa trên cơ sở áp dụng công nghệ thông tin để thu thập, tổng hợp, báo cáo dữ liệu từ hóa đơn điện tử thay vì các phương pháp thủ công như sử dụng hóa đơn giấy.

Tại buổi họp báo mới đây của Tổng cục Thuế về Giới thiệu một số dịch vụ điện tử của cơ quan thuế, ông Nguyễn Văn Thủy - Phó Vụ trưởng Vụ Quản lý thuế doanh nghiệp lớn cho biết, việc sử dụng hóa đơn điện tử có mã xác thực sẽ giúp doanh nghiệp cắt giảm thời gian đăng ký sử dụng hóa đơn từ 5 ngày xuống còn tối đa 3 ngày.

Đồng thời, rút ngắn thời gian thực hiện thông báo phát hành (doanh nghiệp được sử dụng ngay hóa đơn khi thực hiện đăng ký thành công), doanh nghiệp không phải báo cáo tình hình sử dụng hóa đơn điện tử có mã xác thực cho cơ quan thuế dẫn đến không xảy ra tình trạng nộp chậm báo cáo và không bị xử lý phạt cho việc không nộp hoặc nộp chậm báo cáo.

Việc triển khai hóa đơn điện tử và hóa đơn điện tử có mã xác thực còn giúp doanh nghiệp tiết kiệm chi phí như: chi phí in, gửi, bảo quản, lưu trữ hóa đơn ... so với sử dụng hóa đơn giấy. Từ đó, góp phần nâng cao hiệu quả sản xuất, kinh doanh, tăng cường năng lực cạnh tranh của doanh nghiệp.

Các dữ liệu có thể được dễ dàng tìm thấy và xử lý nhanh chóng; thuận tiện cho việc hạch toán kế toán; đối chiếu dữ liệu; quản trị kinh doanh của doanh nghiệp, kê khai, nộp thuế do tất cả các tài liệu giao dịch đều được cập nhật trong một vị trí trên một máy chủ web và thông tin trên hóa đơn điện tử được chuyển thẳng vào hệ thống kế toán và hệ thống thanh toán của doanh nghiệp mua bán hàng hoá, dịch vụ.

Nhờ đó, công tác hạch toán kế toán, quản trị doanh nghiệp dần được hiện đại hoá để phù hợp với xu thế kinh doanh ngày càng phát triển trên thị trường quốc tế hiện nay, phù hợp với các công nghệ tiên tiến đang được áp dụng trên thế giới như Mobile banking, Internet banking, SMS banking... tăng khả năng hội nhập toàn cầu.

Hóa đơn điện tử cũng góp phần thúc đẩy mạnh mẽ phát triển thương mại điện tử, giúp các doanh nghiệp triển khai thương mại điện tử có thể hoàn thiện quá trình kinh doanh từ mua bán điện tử, xuất hóa đơn điện tử, thanh toán điện tử… Đồng thời, hạn chế và ngăn ngừa tình trạng giả mạo hóa đơn, bảo vệ uy tín và thương hiệu của doanh nghiệp.

Ông Thủy nhấn mạnh, sử dụng hóa đơn điện tử và hóa đơn điện tử có mã xác thực còn mang lại nhiều lợi ích đối với khách hàng của người nộp thuế khi thông tin hóa đơn điện tử được chuyển thẳng đến địa chỉ của khách hàng. Do đó, khách hàng có thể truy cập, tra cứu để tải hóa đơn điện tử về vào bất cứ thời điểm nào; khách hàng có thể nhận được hóa đơn bất kể khi nào và ở đâu.

Không những thế, khách hàng sẽ không gặp phải những rủi ro trong việc bảo quản, lưu trữ hóa đơn, tránh được việc thất lạc hóa đơn hoặc làm rách hóa đơn. Đối với khách hàng là doanh nghiệp, sử dụng hóa đơn điện tử còn hỗ trợ công tác quản trị kinh doanh của doanh nghiệp như tra cứu hóa đơn, thanh toán tiền, kê khai thuế... nhanh chóng, đơn giản và thuận tiện.

Ngoài ra, việc sử dụng hóa đơn điện tử, hóa đơn điện tử có mã xác thực không những giảm chi phí cho doanh nghiệp mà còn giảm chi phí cho cơ quan quản lý nhà nước trong việc quản lý các thông báo phát hành, thông báo kết quả hủy, báo cáo sử dụng hóa đơn do doanh nghiệp gửi tới; dễ dàng truy xuất các số liệu thống kê báo cáo trên hệ thống.

Đặc biệt, khi hóa đơn điện tử, hóa đơn điện tử có mã xác thực dần trở nên phổ biến sẽ giúp cơ quan Thuế có một kho dữ liệu về hóa đơn để phục vụ công tác quản lý thuế.