Theo Quy chế, Ủy ban chỉ đạo là tổ chức phối hợp liên ngành giúp Thủ tướng Chính phủ chỉ đạo, phối hợp, hướng dẫn, kiểm tra và tổ chức thực hiện Cơ chế một cửa ASEAN, Cơ chế một cửa quốc gia theo Hiệp định và Nghị định thư về xây dựng và thực hiện cơ chế một cửa ASEAN; triển khai các giải pháp đồng bộ để tạo thuận lợi thương mại và giao lưu hàng hóa qua biên giới, có trách nhiệm, quyền hạn quy định tại Điều 2 Quyết định 1899/QĐ-TTg ngày 4/10/2016 của Thủ tướng Chính phủ.

Ủy ban chỉ đạo làm việc theo chế độ kết hợp trách nhiệm của tập thể Ủy ban chỉ đạo với việc đề cao quyền hạn và trách nhiệm cá nhân của Trưởng ban, Phó Trưởng ban và các ủy viên Ủy ban chỉ đạo.

Trưởng ban, Phó Trưởng ban và các ủy viên Ủy ban chỉ đạo hoạt động theo chế độ kiêm nhiệm. Mỗi ủy viên Ủy ban chỉ đạo được phân công và chịu trách nhiệm về việc tổ chức, phối hợp và triển khai thực hiện Cơ chế một cửa ASEAN, Cơ chế một cửa quốc gia và tạo thuận lợi thương mại trong phạm vi Bộ, cơ quan mình quản lý và phân công của Trưởng ban Ủy ban chỉ đạo.

Ủy ban chỉ đạo họp định kỳ 3 tháng một lần hoặc theo quyết định của Trưởng ban Ủy ban chỉ đạo.

Trường hợp không tổ chức phiên họp của Ủy ban chỉ đạo, Trưởng ban Ủy ban chỉ đạo quyết định việc tổ chức xin ý kiến của các ủy viên Ủy ban chỉ đạo bằng văn bản về các vấn đề liên quan đến nội dung phiên họp không được tổ chức. Các ủy viên Ủy ban chỉ đạo có trách nhiệm gửi đầy đủ, kịp thời ý kiến tham gia bằng văn bản về Cơ quan thường trực Ủy ban chỉ đạo để tổng hợp, báo cáo Trưởng ban Ủy ban chỉ đạo. Cơ quan thường trực Ủy ban chỉ đạo phối hợp với Văn phòng Chính phủ và các đơn vị liên quan tổng hợp, soạn thảo thông báo trình Trưởng ban Ủy ban chỉ đạo phê duyệt trong thời gian 5 ngày làm việc, kể từ ngày kết thúc phiên họp của Ủy ban chỉ đạo.