Cơ chế một cửa tại cơ quan Tổng cục Hải quan là cách thức giải quyết công việc của tổ chức, cá nhân thuộc trách nhiệm, thẩm quyền của Tổng cục Hải quan trong việc công khai, hướng dẫn thủ tục hành chính, tiếp nhận hồ sơ, giải quyết và trả kết quả được thực hiện tại một đầu mối là Bộ phận tiếp nhận và trả kết quả của cơ quan Tổng cục Hải quan (gọi tắt là Bộ phận một cửa).
Cơ chế một cửa tại cơ quan Tổng cục Hải quan được áp dụng để giải quyết các thủ tục hành chính cấp Tổng cục quy định tại bộ thủ tục hành chính trong lĩnh vực hải quan do Bộ trưởng Bộ Tài chính ban hành tại từng thời điểm.
Theo quy chế, về thời gian giải quyết hồ sơ miễn thuế, trong thời hạn 10 ngày làm việc kể từ ngày tiếp nhận bộ hồ sơ miễn thuế đầy đủ, hợp lệ, đơn vị thực hiện giải quyết miễn thuế cho tổ chức, cá nhân. Về thời hạn trả lời, giải quyết vướng mắc, các đơn vị phải có văn bản trả lời tối đa không quá 5 ngày làm việc kể từ khi nhận được yêu cầu. Trường hợp phải bổ sung thông tin, trong thời hạn 3 ngày làm việc kể từ khi nhận được yêu cầu, các đơn vị nghiệp vụ phải thông báo (bằng văn bản hoặc qua email, điện thoại...) cho tổ chức, cá nhân đề nghị bổ sung thông tin.
Trường hợp nội dung giải quyết vượt thẩm quyền, trong vòng 5 ngày làm việc, đơn vị chủ trì phải có văn bản lấy ý kiến của cấp có thẩm quyền, đồng thời thông báo để tổ chức, cá nhân được biết. Trong thời hạn 3 ngày làm việc kể từ khi nhận được ý kiến của cấp có thẩm quyền, đơn vị chủ trì phải có văn bản trả lời. Tuy nhiên, Quy chế nhấn mạnh, trong quá trình nghiên cứu thấy rằng hồ sơ không thuộc thẩm quyền thì đơn vị nghiệp vụ chuyển lại hồ sơ cho Bộ phận một cửa để trả lại cho tổ chức, cá nhân.
Trường hợp nội dung thuộc thẩm quyền xử lý nhưng cần lấy ý kiến tham gia của các đơn vị khác thì trong vòng 3 ngày làm việc, đơn vị chủ trì phải có văn bản lấy ý kiến tham gia của các đơn vị có liên quan và thời gian xử lý đối với trường hợp này không có 10 ngày làm việc và khi đã hết thời gian xử lý theo quy định mà vẫn chưa giải quyết xong thì đơn vị phải thông tin cho tổ chức, cá nhân biết.