Theo khảo sát độc lập của Cơ quan Phát triển quốc tế Hoa kỳ tại Việt Nam hầu hết các doanh nghiệp cho biết hệ thống Hải quan điện tử giúp tiết kiệm cả về thời gian và chi phí cho thủ tục hải quan. Một phần kết quả này đến từ nỗ lực đơn giản hóa thủ tục thuế và hải quan mà Chính phủ triển khai trong 2 năm gần đây. Tuy nhiên vẫn còn nhiều công việc cần làm, đặc biệt là củng cố cơ chế phối hợp giữa các Bộ, ngành có liên quan để đơn giản hóa thủ tục hành chính cho hàng hóa xuất nhập khẩu.