Thông tư quy định về ký số, kiểm tra chữ ký số trên văn bản điện tử; yêu cầu kỹ thuật và chức năng của phần mềm ký số, phần mềm kiểm tra chữ ký số cho văn bản điện tử trong cơ quan nhà nước. Thông tư này không quy định việc sử dụng chữ ký số cho văn bản điện tử chứa thông tin thuộc danh mục bí mật nhà nước, áp dụng đối với các cơ quan, tổ chức, bao gồm các Bộ, cơ quan ngang Bộ, cơ quan thuộc Chính phủ, UBND các cấp, các đơn vị sự nghiệp sử dụng ngân sách nhà nước và tổ chức, cá nhân liên quan sử dụng chữ ký số cho văn bản điện tử của cơ quan nhà nước. 

     Thông tư quy định rõ việc sử dụng chữ ký số cho văn bản điện tử phải tuân thủ các nguyên tắc: Chữ ký số phải gắn kèm văn bản điện tử sau khi ký số; Văn bản điện tử được ký số phải đảm bảo tính xác thực, tính toàn vẹn xuyên suốt quá trình trao đổi, xử lý và lưu trữ văn bản điện tử được ký số.

     Về quản lý khóa bí mật cá nhân và khóa bí mật con dấu, Bộ TT&TT quy định rằng người có thẩm quyền ký số có trách nhiệm bảo quản an toàn khóa bí mật cá nhân. Người đứng đầu cơ quan, tổ chức có trách nhiệm giao cho nhân viên văn thư quản lý, sử dụng khóa bí mật con dấu theo quy định. Thiết bị lưu khóa bí mật con dấu phải được cất giữ an toàn tại trụ sở cơ quan, tổ chức, việc ký số trên văn bản điện tử trong cơ quan nhà nước được thực hiện thông qua phần mềm ký số.

     Trường hợp quy định người có thẩm quyền ký số trên văn bản điện tử, thông qua phần mềm ký số, người có thẩm quyền sử dụng khóa bí mật cá nhân để thực hiện việc ký số vào văn bản điện tử. Trường hợp quy định cơ quan, tổ chức ký số trên văn bản điện tử, thông qua phần mềm ký số, văn thư được giao sử dụng khóa bí mật con dấu của cơ quan, tổ chức để thực hiện việc ký số vào văn bản điện tử.

     Việc hiển thị thông tin về chữ ký số của người có thẩm quyền và chữ ký số của cơ quan, tổ chức trên văn bản điện tử thực hiện theo quy định của Bộ Nội vụ. Thông tin về người có thẩm quyền ký số, cơ quan, tổ chức ký số phải được quản lý trong cơ sở dữ liệu đi kèm phần mềm ký số. Nội dung thông tin quản lý quy định tại khoản 4, Điều 1, Nghị định 106 ngày 23/11/2011 của Chính phủ.

    Thông tư cũng quy định cụ thể về việc kiểm tra chữ ký số trên văn bản điện tử; kiểm tra hiệu lực của chứng thư số; thông tin lưu trữ kèm theo văn bản điện tử ký số; hủy bỏ thông tin lưu trữ kèm theo văn bản điện tử ký số cũng như các yêu cầu kỹ thuật và chức năng đối với phần mềm ký số, phần mềm kiểm tra chữ ký số.

     Chậm nhất sau 12 tháng kể từ ngày Thông tư 41 có hiệu lực thi hành, các cơ quan, tổ chức đang sử dụng các phần mềm có chức năng ký số, kiểm tra chữ ký số chưa đáp ứng yêu cầu kỹ thuật và chức năng quy định tại Thông tư, phải thực hiện nâng cấp, bổ sung phần mềm ký số, phần mềm kiểm tra chữ ký số để đáp ứng quy định.