Trong đó, đã đề ra những mục tiêu tổng quát của ứng dụng công nghệ thông tin tại các cơ quan nhà nước giai đoạn này là: a) Xây dựng và hoàn thiện cơ sở hạ tầng thông tin, tạo nền tảng phát triển Chính phủ điện tử; b) Ứng dụng rộng rãi công nghệ thông tin trong hoạt động nội bộ của các cơ quan nhà nước, hướng tới nâng cao năng suất lao động, giảm chi phí hoạt động; c) Cung cấp thông tin, dịch vụ công trực tuyến mức độ cao, trên diện rộng cho người dân và doanh nghiệp, làm cho hoạt động của cơ quan nhà nước minh bạch hơn, phục vụ người dân và doanh nghiệp tốt hơn. Từ mục tiêu tổng quát này, các chỉ tiêu về ứng dụng công nghệ thông tin đã được xác định, cụ thể như sau:

a) Xây dựng và hoàn thiện cơ sở hạ tầng thông tin, tạo nền tảng phát triển Chính phủ điện tử
- Phát triển và hoàn thiện hạ tầng kỹ thuật bảo đảm cho các hoạt động ứng dụng công nghệ thông tin trong các cơ quan nhà nước trên môi trường mạng an toàn, hiệu quả.
- Phát triển và hoàn thiện các hệ thống thông tin, các cơ sở dữ liệu lớn, trước hết tập trung xây dựng các cơ sở dữ liệu quốc gia về con người, tài nguyên và môi trường, tài chính, kinh tế, công nghiệp và thương mại, bảo đảm tính cấu trúc, hệ thống, tạo môi trường làm việc điện tử rộng khắp giữa các cơ quan nhà nước.

b) Ứng dụng công nghệ thông tin trong nội bộ cơ quan nhà nước
- 60% các văn bản, tài liệu chính thức trao đổi giữa các cơ quan nhà nước được trao đổi hoàn toàn dưới dạng điện tử.

- Hầu hết cán bộ, công chức thường xuyên sử dụng hệ thống thư điện tử trong công việc.
- Bảo đảm các điều kiện về kỹ thuật cho 100% các cuộc họp của Thủ tướng Chính phủ với các Bộ, cơ quan ngang Bộ, cơ quan thuộc Chính phủ, Ủy ban nhân dân các tỉnh, thành phố trực thuộc Trung ương có thể được thực hiện trên môi trường mạng.

- Bảo đảm các điều kiện về kỹ thuật để 100% hồ sơ quản lý cán bộ, công chức các cấp có thể được quản lý chung trên mạng với quy mô quốc gia.

- Triển khai Hệ thống thông tin quản lý ngân sách và kho bạc tới 100% các tỉnh, thành phố trực thuộc Trung ương.

- Bảo đảm dữ liệu điện tử phục vụ hầu hết các hoạt động trong cơ quan nhà nước.

c) Ứng dụng công nghệ thông tin phục vụ người dân và doanh nghiệp
- 100% các cơ quan nhà nước từ cấp quận, huyện, Sở, Ban, ngành hoặc tương đương trở lên có cổng thông tin điện tử hoặc trang thông tin điện tử cung cấp đầy đủ thông tin theo Điều 28 của Luật Công nghệ thông tin, cung cấp tất cả các dịch vụ công trực tuyến mức độ 2 và hầu hết các dịch vụ công cơ bản trực tuyến tối thiểu mức độ 3 tới người dân và doanh nghiệp.
         - 50% hồ sơ khai thuế của người dân và doanh nghiệp được nộp qua mạng.
         - 90% cơ quan hải quan các tỉnh, thành phố triển khai thủ tục hải quan điện tử.
         - Tất cả kế hoạch đấu thầu, thông báo mời thầu, kết quả đấu thầu, danh sách nhà thầu tham gia được đăng tải trên mạng đấu thầu quốc gia; khoảng 20% số gói thầu mua sắm hàng hóa, xây lắp và dịch vụ tư vấn sử dụng vốn nhà nước được thực hiện qua mạng; thí điểm hình thức mua sắm chính phủ tập trung trên hệ thống mạng đấu thầu quốc gia.
- 100% hộ chiếu được cấp cho công dân Việt Nam phục vụ công tác xuất, nhập cảnh là hộ chiếu điện tử.

- 30% công dân Việt Nam đủ độ tuổi theo quy định được cấp chứng minh nhân dân sản xuất trên dây chuyền hiện đại, với một số chứng minh nhân dân duy nhất không trùng lặp, chống được làm giả.

- 30% số hồ sơ đề nghị cấp giấy phép xây dựng được nộp qua mạng.
 Căn cứ các mục tiêu ứng dụng công nghệ thông tin, trong Chương trình đã nêu rõ các nội dung, giải pháp và trách nhiệm triển khai ứng dụng công nghệ thông tin của các Bộ, ngành, địa phương và các cơ quan liên quan. Kinh phí dự kiến từ ngân sách nhà nước dành cho các dự án trọng điểm thuộc Chương trình khoảng 1700 tỷ đồng. Một điểm nổi bật về cách thức triển khai các dự án trọng điểm trong Chương trình đó là triển khai thí điểm hình thức hợp tác Nhà nước – Doanh nghiệp (PPP), điều này sẽ làm tăng tính khả thi, hiệu quả, vì khi xây dựng và duy trì hoạt động các hệ thống thông tin quy mô quốc gia đòi hỏi phải có nguồn lực rất lớn (tài chính, công nghệ, nhân lực).