Dựa trên nguyên tắc đảm bảo công khai, minh bạch trong quản lý, điều hành thực hiện các chương trình mục tiêu quốc gia, Quy chế này yêu cầu chủ chương trình, cơ quan chủ trì dự án thành phần và các bộ, cơ quan trung ương, địa phương thực hiện chương trình mục tiêu quốc gia có trách nhiệm công khai thông tin về chương trình mục tiêu quốc gia theo chức năng, nhiệm vụ theo một hoặc một số hình thức: Phát hành văn bản đến cơ quan liên quan; Đăng trên Cổng thông tin điện tử của các cơ quan liên quan; Thông báo trên phương tiện đại chúng.

Nội dung công khai thông tin bao gồm: Quyết định đầu tư chương trình mục tiêu quốc gia trong từng giai đoạn; Tiêu chí, định mức phân bổ kinh phí chương trình mục tiêu quốc gia; Các chỉ tiêu kế hoạch thực hiện chương trình giai đoạn 5 năm và hàng năm ở mỗi cấp; Kết quả thanh tra, kiểm tra, xử lý các vi phạm, các vụ tiêu cực, tham nhũng của cán bộ, công chức tham gia quản lý, điều hành và thực hiện chương trình mục tiêu quốc gia; Các ý kiến phản hồi từ nhân dân và kết quả xử lý ý kiến phản hồi…

Cũng theo Quy chế, nguồn vốn thực hiện chương trình mục tiêu quốc gia được huy động từ: Nguồn ngân sách trung ương; Nguồn ngân sách địa phương; Nguồn lực huy động hợp pháp từ các tổ chức, doanh nghiệp và cộng đồng; Nguồn vốn tín dụng; Nguồn vốn lồng ghép từ các chương trình, dự án khác. Các bộ, cơ quan trung ương và địa phương thực hiện chương trình mục tiêu quốc gia chịu trách nhiệm huy động và đảm bảo nguồn lực để hoàn thành mục tiêu, nhiệm vụ của từng chương trình được Thủ tướng giao.